跨学科创新研究院是学校为实现上海理工大学人才、学科、科研三位一体的创新能力提升设立的组织机构，通过产学研协同和体制机制改革，以创新任务为导向，协同高校、科研院所及大型企业等社会各类创新力量，开展协同创新工作。跨学科创新研究院依托学校光学工程、系统科学、动力工程及工程热物理、机械工程、生物医学工程5大一流学科和管理科学与工程高原学科的科研底蕴，在积极推动校内学科间相互融合的同时，高效调动学校理工科优势与校外医学、国防、人工智能等资源及科研力量深度交叉融合，共同建立联合实验室及创新平台。